Монастырь назван в честь святых новомучеников Российских, пострадавших за веру в годы гонений на Церковь, со стороны безбожной советской власти. Храм в честь Всех святых был освящён 31 декабря 1993г. Инициатором возведения храма на пересечении улиц Немировича-Данченко и Ватутина стал протоиерей Николай Чугайнов. Освящение места под строительство храма состоялось 29 августа 1994г. Строительство храм и проектные работы начал протоиерей Николай Чугайнов в 1994 году. Отец Николай к тому времени уже снискал заслуженное уважение, как человека, способного организовать и восстановить утраченное: его усилиями и владыки Тихона новосибирский кинотеатр «Луч» который находился на улице Новогодняя, 24, городские власти передали Русской Православной Церкви — там сейчас и находится Храм Всех Святых. То был первый в новейшей истории Новосибирска православный приход на левом берегу города. Служба здесь велась один раз в неделю, прихожан было немного, но – факт остается фактом – приход был открыт и функционировал. Одновременно отец Николай взялся за проектирование и возведение нового здания храма на перекрестке Немировича-Данченко и Ватутина. Он уже успел возвести фундамент, когда у него вдруг остановилось сердце. Батюшка умер на посту, в своем кабинете, располагавшемся на втором этаже бывшего кинотеатра «Луч»… И на какое-то время после смерти отца Николая строительство нового храма долгое время не велось.
Осенью 1996г. настоятелем храма был назначен игумен Феодосий (Чернейкин). С этого момента началась собираться монашеская община, ставшая впоследствии основой для создания монастыря.
На замершей строительной площадке к моменту назначения отца Феодосия прочно обосновались со своими конторами, вагончиками, охранниками, техникой и складами шесть строительных контор, никакого права находиться не имевших. И если увеличение количества прихожан было лишь делом времени, образования и пастырского опыта нового настоятеля, то борьбе с хамоватыми строителями не учат ни в одной семинарии. Конечно, были такие, кто по просьбе батюшки съехал с насиженного места незамедлительно. Но остались и те, кто, несмотря на все увещевания, продолжал строить на самовольно захваченной территории подсобные помещения, а настойчивого отца Феодосия – для острастки или же всерьез поступали угрозы.
«Монашество – это важнейшая составляющая в жизни российского общества, что без монашества не может быть возрождения России, что каждый монах, стремясь достичь духовного совершенства, тем самым делает светлее и лучше жизнь окружающих…» Игумен Феодосий (Чернейкин)
Два года отец Феодосий вел упорную борьбу по выселению непрошенных гостей с предназначенного под строительство храма участка, два года бесконечных споров, увещеваний, «административных рычагов» – и оскорблений в адрес батюшки со стороны постепенно сдающих свои позиции оппонентов. Два года этой терпеливой «осадной войны» увенчались успехом: в 1998 году со строительной площадки храма выехала восвояси последняя фирма. Это была победа никоим образом не меньшая, чем увеличение числа прихожан храма Всех Святых. Потому что, повторимся, увеличение прихода – хоть и тоже хлопотное, но знакомое любому священнику, его «родное» дело. Чтобы завершить строительство храма быстрее, с должным качеством и наименьшими финансовыми потерями, батюшке пришлось стать специалистом не только в духовных вопросах, но и в строительстве.
Новый храм строился исключительно на пожертвования организаций и частных лиц. Очень помогала строительству Администрация Новосибирской области – взыскивая задолженности по областным налогам с неплательщиков стройматериалами, отдавала их на строительство. Большую помощь оказывают Новосибирский оловянный комбинат (генеральный директор — А. П. Дугельный), Западно-Сибирская железная дорога (генеральный директор — А. В. Целько), жертвуя кирпич, цемент, стекло.
С 1998 года строительные работы были возобновлены. В апреле 2003г. был поднят купол. 25 июня 2005г. храм был освящен в честь Святых Новомучеников Российских архиепископом Новосибирским и Бердским Тихоном.
6 октября 1999г. по ходатайству Преосвященнейшего Сергия, епископа Новосибирского и Бердского († 20.10.2000), и по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, решением Священного Синода (журнал № 106) приход в честь Всех святых преобразован в монастырь святых новомучеников Российских. Община приобрела официальный статус. Так был организован первый монастырь в черте города Новосибирска.
7 января 2006 года, на праздник Рождества Господа нашего Иисуса Христа, жители города были свидетелями необыкновенного чуда: в небе над храмом в честь святых Новомучеников Российских была необычная радуга и два солнца. Вся природа ликовала. Жители города то и дело поднимали головы и восхищались необычным небесным явлением. Радужный столб вырастал возле храма прямо из земли.>>
12 февраля 2006 года — первый престольный праздник в храме в честь святых Новомучеников Российских. Божественную литургию возглавил настоятель монастыря — архиепископ Новосибирский и Бердский Тихон.
В дни Великого поста, 5 апреля 2006 года, в храме святых Новомучеников Российских прошел первый иноческий постриг.
На улице Сибиряков-Гвардейцев построена часовня-памятник в честь Владимирской иконы Божией Матери, посвящённая памяти воинов, погибших во время Отечественной войны и всех пострадавших за Веру и Отечество в годы гонений и репрессий. В часовне в дни Великих праздников священнослужители монастыря совершают молебны.
26 декабря 2012г. решением Священного Синода (журнал № 139) на должность настоятеля монастыря назначен игумен Гурий (Прокичев).
29 мая 2013г. наименование монастыря изменено на Епархиальный мужской монастырь в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской.
