Епархиальный мужской монастырь в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской, города Новосибирска является правопреемником православного прихода в честь Всех Святых. В 1993 году на левом берегу р. Обь в Кировском районе г. Новосибирска была образована община православных верующих в честь Всех Святых. Этой общине верующих для обустройства храма было передано помещение бывшего кинотеатра «Луч» на улице Новогодней 24. После переоборудования кинотеатра в храм, 31 декабря 1993 года состоялось освящение храма, а 1 марта 1994 года приход получил статус юридического лица, где и начала собираться будущая община монастыря. Приходу Всех Святых, была передана территория, для строительства храмовой застройки, на пересечении улиц Ватутина и Немировича-Данченко города Новосибирска. Строительство храма в честь святых Новомучеников Российских было начато в 1994 году протоиереем Николаем Чугайновым, являющимся в то время настоятелем прихода в честь Всех Святых. Освящение места под строительство нового храма состоялось 29 августа 1994 года. Осенью 1996 года настоятелем храма в честь Всех Святых был назначен иеромонах Феодосий (Чернейкин), управлявший приходом, а в последствии монастырем до 2011 года. 6 октября 1999г. по ходатайству епископа Новосибирского и Бердского Сергия (Соколова), решением Священного Синода (Журнал № 106) приход в честь Всех Святых преобразован в монастырь Святых Новомучеников Российских. В апреле 2003 года на возведённый храм был установлен купол, освящённый архиепископом Новосибирским и Бердским Тихоном (Емельяновым). Храм в честь Святых Новомучеников Российских был освящен 25 июня 2005 года, Высокопреосвященным Тихоном (Емельяновым), архиепископом Новосибирским и Бердским. В декабре 2012 года решением Синода Русской православной церкви (Журнал № 139) настоятелем мужского монастыря в честь святых Новомучеников Российских города Новосибирска был назначен игумен Гурий (Прокичев). 29 мая 2013г. наименование монастыря изменено на Епархиальный мужской монастырь в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской. На сегодняшний день монастырь имеет самостоятельный статус Епархиального мужского монастыря в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской. Ему принадлежат храм на улице Немировича-Данченко 120/1 в честь Новомучеников и Исповедников Церкви Русской, который находится в пределах монастырского комплекса, братский корпус по улице Мира и часовня в честь Владимирской иконы Божией Матери, расположенная на улице Сибиряков-Гвардейцев, 7/1.